YunTech為處理及討論各項業務重大事項，設有各種會議及委員會，校層級的重要決策會議包括：校務會議、行政會議、主管會議、各處室會議，院、系層級最重要為院、系務會議，透過群體決策，避免一人之私損害組織利害關係人的利益。此外，全校發展成立各個委員會，分別負責治理、社會、經濟、環境面衝擊的討論、監督、與決策。例如各級教師評審委員會負責審議新進教師招募、教師升等、教師解聘等決策。課程委員會負責審議系所課程增減、變更等決策。透過各類會議與委員會的運作，YunTech得以藉由五個學院各類專家的協同討論，得到最佳決策；也透過層層的議決，避免產生組織治理失當，損害利害關係團體利益之問題。