環境部化學署為妥善因應毒化物管理及事故緊急應變，於2002年初規劃成立北、中、南3區毒災應變諮詢中心，啟動應變諮詢機制，於災害發生時配合行政院環保署毒災業務主管統籌調配，啟動資深應變專家適時趕赴現場提供現場應變作業及安全指導建議。於2003年起執行4年中程計畫「毒性化學物質災害防救技術支援體系建置計畫」，強化北、中、南3區毒災應變諮詢中心應變及現場監測等能量，並提供24小時全年無休服務。

自2006年度起執行環保署8年長程計畫「強化毒化物安全管理及災害應變計畫」，建立全國7個環境毒災應變隊，於環境毒化災害事故發生後1小時內，趕赴現場實施偵測、監控、應變與善後復原作為，並納入民間聯防組織之應變能量，期使環境災害事故由開始至結束完善處置。

自2014年起為建構無毒健康家園及優質城鄉，健全化學物質安全管理、降低毒性化學物質事故危害風險、營造友善城鄉，並傳承環境毒災應變隊經驗及設備，擴大環境污染事件之應變能量，委由專業機構設置環境事故專業技術小組7隊，強化現場第一時間分析檢測能力，於事故發生時，執行環境偵測、化學物質鑑識、協助執行危害辨識；並於平時進行應變訓練、預防整備等任務。

自2019年起繼續推動「建構安全化學計畫」，陸續增設環境事故專業技術小組及能量，新增桃園隊、麥寮隊及屏東隊，以強化事故到場提供完整性之應變作為，於2021年起認證應變訓練機關，培育民間應變能量，完善處置環境及毒化災事故。

本中心組織除了應變化災之技術小組編製，也成立行政推廣組、教育訓練組及毒災資訊組，強化組織架構及打造專業團隊，協助政府機構及產業提供以下業務：

• 協助行政院環境保護署及中部各縣市政府（臺中市、南投縣、彰化縣、雲林縣、嘉義縣、嘉義市及金門縣）推動毒性化學物質災害應變相關政策及業務。
• 提供政府機關及公民營機構之毒災應變相關諮詢工作，與國內公私立機構及企業單位建立合作關係及人才的交流，結合產官學三者共同研究提升國內毒災應變及諮詢之科技水準。
• 積極進行產官學之毒性化學物質災害共同研究應變諮詢服務工作，接受國內公私立機構及企業單位之委託從事毒災應變、諮詢相關之專題研究、技術諮詢及教育訓練等。
• 統合及支援本校毒災應變及諮詢相關之教學、實驗及研究，參與校內外其他有關研究計畫，結合毒災應變諮詢相關人力及設備，蒐集毒災應變之最新研究發展技術資料及資訊，提供本校師生及產官學界參考。